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1.微生物的侵染：侵染蔬菜的微生物主要有真菌和细菌，这些微生物有的是蔬菜农田带来的，如马铃薯晚疫病、胡萝卜菌核病、萝卜黑腐病等，带病蔬菜在后期均可继续蔓延危害；有的微生物是在贮藏和运输甚至销售中才开始危害蔬菜产品，这些微生物多为霉菌和腐败细菌，致使蔬菜长霉、腐烂、变臭，造成损失。
2. 蔬菜生理生化反应：蔬菜采收后的一段时间内，仍有着呼吸作用和其它生命活动，其中呼吸作用与各种生理生化过程有着密切的联系，从而影响到蔬菜在贮藏过程中的品质。
3. 机械伤：蔬菜的主要特点多为鲜、脆，在受到挤压和碰撞时，会发生破碎、擦伤、挤伤断裂、刺伤等，几乎失去商业及食用价值，且受轻伤的蔬菜也易受到病菌的侵染，造成腐烂，导致更严重的损失。
因此在该环节，如果不进行及时的预处理，会影响整体蔬菜菌类整体的品质，比如对蔬菜进行一定的筛选，去除坏叶烂叶及品质不高的植株，以防止病害植株侵染健康作物。
其次是预冷！预冷！预冷！
预冷对蔬菜食用菌非常重要！
蔬菜经过预冷，可有效防止各类疾病的产生，并减少呼吸作用对蔬菜的影响，据测量统计，经过预冷的蔬菜（0℃标准），比未经过预冷的蔬菜（20℃）耗损率至少降低40%~50%，令蔬菜储存时间更长，品质也相比未经过冷处理的蔬菜要更高。
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